Introducción: Los arroyos asociados a bofedales se hallan en ambientes donde las condiciones son extremas con temperaturas muy variables, baja presión atmosférica e intensa radiación solar. Sin embargo, existen ensamblajes de macroinvertebrados asociados a estos ambientes, cuya información es escasa. A escala global y regional, las características de los macroinvertebrados cambian con el aumento de la latitud y altitud (disminución de la riqueza y variación de la composición). A nivel local, también se puede agregar el efecto de las aguas ácidas y de elevada conductividad proveniente de manantiales que se unen a los arroyos, que generan heterogeneidad en la calidad de agua y consecuentemente en las características de los macroinvertebrados. Objetivo: Comparar la diversidad, composición y abundancia de macroinvertebrados y las características fisicoquímicas del agua de arroyos asociados a dos bofedales altoandinos, ubicados en el departamento de Ayacucho, Perú. Metodología: Se estudiaron once estaciones ubicados en arroyos de dos bofedales: 7 en Guitarrachayocc (G) de 43 ha (n = 28) y 4 en Pichccahuasi (P) de 28 ha (n = 8). Se empleó una red de Surber (0.3 mm de malla, área de muestreo de 1  200 cm2), para realizar muestreos mensuales de octubre de 2016 a abril de 2017. Análisis de componentes principales (PCA) y análisis de varianza multivariante no paramétrico (NP-MANOVA) se aplicaron para comparar las características del agua. Además, se utilizó un análisis de coordenadas principales (PCoA) y NP-MANOVA para comparar el ensamblaje. La prueba no paramétrica de Kruskal-Wallis (α = 0.05) se utilizó para comparar las abundancias absolutas de los taxa principales. Resultados: Las características del agua fueron heterogéneas, con pH de 3.2 (± 0.4) a 7.6 (± 0.1), conductividad de 168.9 (± 91) µS/cm a 1  117 (± 159.3) µS/cm; diferencias que fueron significativas (p < 0.05) al comparar las estaciones de muestreo, donde el agua de G6 presenta los mínimos valores de pH y los máximos de conductividad, al igual que cloruros. Se recolectaron un total de 8  126 individuos, distribuidos en 26 taxa de 20 familias, 11 órdenes y cinco clases. Los insectos fueron el grupo más diverso y abundante. A pesar a la cercanía de los arroyos de los bofedales, presentaron diferencias: en G, se registró 25 taxa, con dominancia de Macrelmis sp., Dicrotendipes sp., Claudioperla sp., Meridialaris sp. y en P, 9, con dominancia de Pedrowygomya sp., Hyalella sp. y Dicrotendipes sp. La densidad fue de 475 ind./m2 y de 31 ind./m2 para el bofedal G y P respectivamente, estos valores fueron estadísticamente diferentes (p < 0.05). El PCoA y el PCA confirmados por NP-MANOVA mostraron que G6 es diferente (p < 0.05) dentro de G porque recibe el aporte de agua de un manantial. Conclusiones: La riqueza, composición y densidad de los macroinvertebrados son diferentes en los arroyos según el bofedal al cual se halla asociado. La contribución de los manantiales a los arroyos genera cambios drásticos en la calidad del agua y los macroinvertebrados, determinando la formación de ensamblajes con diferente riqueza y estructura.