Hoy en día las organizaciones y de modo similar, las instituciones de educación superior, se enfrentan a diversos retos; entre los que se encuentra el de tener un modelo de gestión dinámico, flexible y sobre todo innovador. En consecuencia, se concibe de vital importancia la mejora y automatización de procesos bajo una metodología que genere mayores casos de éxito. Por lo tanto, este documento tiene el objetivo de presentar una propuesta metodológica desde el enfoque de la gestión de procesos de negocio (BPM por sus siglas en inglés), que se adapte a cualquier transformación digital que involucre la automatización de procesos de organizaciones de diferente tipología, tamaño y sector económico. Con la intención de comprobar la metodología se procedió a someter a una automatización a un proceso de una institución de educación superior del Ecuador. Los resultados mostraron que se logró una gestión eficiente, eficaz, dinámica, flexible y sobre todo innovadora al usar un BPMS; esto se debió a que se redujeron y en ciertos casos, se eliminaron los sobre-proceso, reprocesos, esfuerzos duplicados, el tiempo de espera y los desperdicios.