El emprendimiento ha resultado ser una estrategia para atender problemas globales, particularmente de las micro, pequeñas y medianas empresas en México, lo que ha ayudado a solucionar problemas económicos y sociales a través de la generación de empleos y sus aportes al producto interno bruto. Sin embargo, estas empresas enfrentan problemas como liquidez limitada, falta de financiamiento, falta de redes de apoyo, así como dificultades para innovar. Además de estos factores, en las zonas rurales, las empresas enfrentan problemas de pobreza, migración y creciente demanda de multifuncionalidad, lo que obliga a considerar otros sectores además de la agricultura dentro de estos territorios. Por tanto, el objetivo central del estudio fue investigar desde una perspectiva teórica los factores que inciden en el desempeño organizacional de las micro, pequeñas y medianas empresas del área rural del sur del estado de Sonora, México. Para lo anterior, se llevó a cabo una investigación cualitativa, descriptiva utilizando una técnica documental para identificar aquellas variables, sus dimensiones y sus relaciones que inciden en la creación, gestión y desarrollo de las empresas. Entre los principales hallazgos se encontró que el desempeño de las micro, pequeñas y medianas empresas generalmente se mide a través de las dimensiones operativa y financiera, además, se encontró que factores como la orientación emprendedora, el capital social y la innovación son elementos que impactan el desempeño.