O aprendizado baseado em problemas (APB) é apontado como ferramenta importante para ensinar os alunos a aprender com autonomia. O objetivo deste trabalho é comparar a forma habitual de ensinar Ciências e Biologia no Ensino Médio da Escola Pública com a metodologia da Aprendizagem Baseada em Problemas (ABP). Para tanto, dois Cursos de Férias frequentados por alunos e professores do ensino médio foram baseados na ABP e dedicados à redescoberta da anatomia do corpo de animais com estilos de vida contrastantes. Foram feitas análises qualitativas e quantitativas a partir de questionários aplicados antes e depois dos cursos a alunos e professores. Os resultados apontaram para maior motivação dos alunos e professores em ciências e biologia após os cursos de férias e para a possibilidade da utilização imediata da metodologia no ensino médio na escola pública a despeito das restrições atuais de infra-estrutura.