Malaria masih menjadi salah satu masalah kesehatan di dunia dan Indonesia. Cengkeh (Syzygium aromaticum (L.) Merry & Perry) adalah tanaman asli Indonesia yang berpotensi sebagai fitofarmaka. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis aktivitas antimalaria in vitro, uji toksisitas, dan uji penghambatan secara in vivo ekstrak metanol cengkeh varietas Tuni Buru Selatan. Konsentrasi uji in vitro bunga, tangkai bunga, dan daun cengkeh masing-masing adalah 0,01, 0,1, 1, 10, dan 100 μg/mL duplo. Dosis uji toksisitas bunga cengkeh dan tangkai bunga cengkeh masing-masing 625, 1250, 2500, 5000, dan 10000 mg/kg BB dan lima ulangan. Uji in vivo dengan menggunakan tiga dosis perlakuan bunga cengkeh dan tangkai bunga cengkeh masing-masing 25, 50, dan 100 mg/kg BB dan 5 ulangan. Hasil uji in vitro menunjukkan 50% Inhibition Concentration (IC50) bunga cengkeh 1,25 μg/mL; tangkai bunga cengkeh 7,89 μg/mL dan daun cengkeh 11,42 μg/mL; 50% Lethal doses (LD50) bunga cengkeh 19743,327 dan tangkai bunga cengkeh 47304,436 mg/kg BB; Persentase penghambatan rata-rata uji in vivo bunga cengkeh 94,19; 95,81; 78,28% dan tangkai bunga cengkeh 90,48; 80,43; 74,14%. Ekstrak metanol cengkeh varietas Tuni Buru Selatan berpotensi sebagai antimalaria dan tidak toksik.