Este artículo presenta resultados preliminares de una investigación desarrollada en la Institución Educativa Jesús Emilio Jaramillo Monsalve de Chita Boyacá, la cual busca fortalecer las competencias científico naturales de los estudiantes de primaria a través del desarrollo de estrategias basadas en el Aprendizaje por Indagación. La metodología se fundamentó en la investigación cualitativa, al tratarse de un proceso que comprende la realidad del aula, como fruto de una construcción social. La investigación acción fundamentada en la autorreflexión, sobre las prácticas y sobre las diferentes situaciones que constituyen el proceso en un contexto escolar rural. Esteprimermomentodereconocimiento, incluyó la caracterización de elementos que se incorporan al proceso de enseñanza-aprendizaje alrededor de las competencias científico naturales. Para dicho proceso se establecieron tres categorías, Escuela Nueva, competencias Científico Naturales y Aprendizaje por Indagación, sobre las cuales se construyeron dos instrumentos de indagación, y el análisis de resultados  partir de la triangulación entre estamentos y marco teórico conceptual. Dentro de los principales hallazgos se destacan: prevalencia de prácticas tradicionales en la enseñanza, poca motivación hacia el aprendizaje desde las competencias de observación, descripción y argumentación, por la ausencia de estrategias desde el Aprendizaje por Indagación.