High‐throughput sequencing has the potential to describe biological communities with high efficiency yet comprehensive assessment of diversity with species‐level resolution remains one of the most challenging aspects of metabarcoding studies. We investigated the utility of curated ribosomal and mitochondrial nematode reference sequence databases for determining phylum‐specific species‐level clustering thresholds. We compiled 438 ribosomal and 290 mitochondrial sequences which identified 99% and 94% as the species delineation clustering threshold, respectively. These thresholds were evaluated in HTS data from mock communities containing 39 nematode species as well as environmental samples from Vietnam. We compared the taxonomic description of the mocks generated by two read‐merging and two clustering algorithms and the cluster‐free Dada2 pipeline. Taxonomic assignment with the RDP classifier was assessed under different training sets. Our results showed that 36/39 mock nematode species were identified across the molecular markers (18S: 32, JB2: 19, JB3: 21) in UClust_ref OTUs at their respective clustering thresholds, outperforming UParse_denovo and the commonly used 97% similarity. Dada2 generated the most realistic number of ASVs (18S: 83, JB2: 75, JB3: 82), collectively identifying 30/39 mock species. The ribosomal marker outperformed the mitochondrial markers in terms of species and genus‐level detections for both OTUs and ASVs. The number of taxonomic assignments of OTUs/ASVs was highest when the smallest reference database containing only nematode sequences was used and when sequences were truncated to the respective amplicon length. Overall, OTUs generated more species‐level detections, which were, however, associated with higher error rates compared to ASVs. Genus‐level assignments using ASVs exhibited higher accuracy and lower error rates compared to species‐level assignments, suggesting that this is the most reliable pipeline for rapid assessment of alpha diversity from environmental samples.

No abstract

The temporal variation of nematode communities in eight mouth stations of the Mekong River system was investigated in order to compare the change between the dry and the wet season. The nematode data was analysed by multivariate techniques such as SIMPROF, MDS, ANOSIM and SIMPER in the software PRIMER v.6 – PERMANOVA.  Our results showed that average dissimilarity between seasons of the nematode communities in each station was high. Seasonal factor did not affect strongly their distribution pattern. Dominant genera Desmodora and Oncholaimellus usually occurred in the sand stations and Parodontophora and Halalaimus were characteristic for the silty group in both seasons. The spatial variations in this estuarine area have an influence that is larger than seasonal factors. Sự phân bố theo thời gian của quần xã tuyến trùng sống tự do vùng cửa sông Mekong được nghiên cứu nhằm đánh giá sự khác biệt của chúng trong mùa mưa và mùa khô. Dữ liệu của tuyến trùng được xử lý và phân tích đa biến như SIMPROF, MDS, ANOSIM và SIMPER bằng phần mềm PRIMER v.6 – PERMANOVA. Kết quả nghiên cứu cho thấy sự khác biệt theo mùa trong quần xã tuyến trùng tại mỗi điểm là khá lớn nhưng yếu tố mùa không ảnh hưởng gì tới mô hình phân bố của chúng. Một số giống ưu thế trong nền đáy cát như Desmodora and Oncholaimellus trong khi đó Parodontophora và Halalaimus thích nghi nền bùn sét phù sa vẫn hiễn diện trong cả 2 mùa. Kết quả nghiên cứu cũng cho thấy sự biến động trong không gian ở đây lớn hơn sự biến động về mùa vụ.

Nematode communities in black pepper (Piper nigrum L.) agricultural soil in Thanh An, Binh Phuoc province, were investigated. Soil samples were collected in February 2012 at 9 selected sites belonging to 3 pepper groves. The structure of nematode communities and critical ecological indices were determined to estimate environmental status. 26 genera were found. Of those, plant parasitic nematodes such as Meloidogyne, Helicotylenchus, Hoplolaimus, Psilenchus, and Tylenchidae always appear with high frequency and density, whereas the carnivorous nematodes were rarely detected. The nematode density correlates to the concentration of the total organic matter which correlates closely to the (Ba + Fu) proportion showed by the regression equation y = 0.0223x + 1.6819 with R2 = 1. The ecological triangle model, but not the maturity index (MI), apparently showed the status and processes (decomposition and mineralization) which may be happening in the soils of areas studied. The first grove is rich in nutrient but stressed by chemicals. The second grove is stable, with no chemical stress, but has low nutrient contents. The third grove is affected by chemicals but to a lesser extent than the first one. Các quần xã tuyến trùng trong hệ sinh thái đất trồng tiêu ở khu vực xã Thanh An, tỉnh Bình Phước được nghiên cứu. Các mẫu đất được thu nhận trong tháng hai năm 2012 tại 9 điểm thuộc 3 vườn tiêu. Cấu trúc quần xã tuyến trùng và các chỉ số sinh thái đã được xác định để qua đó đánh giá trạng thái môi trường. Tổng cộng có 26 giống tuyến trùng được tìm thấy. Trong đó, các loài tuyến trùng ký sinh thực vật như Meloidogyne, Helicotylenchus, Hoplolaimus, Psilenchus, và tuyến trùng ăn nấm Tylenchidae luôn xuất hiện với tần suất và mật độ cao, trong khi tuyến trùng ăn thịt lại hiếm khi được phát hiện. Mật độ tuyến trùng tương quan với lượng chất hữu cơ tổng số mà nó tương quan chặt chẽ với với tỉ lệ nhóm (Ba + Fu) được thể hiện ở phương trình hồi quy là y = 0.0223x + 1.6819 với R2 = 1. Mô hình tam giác sinh thái, nhưng không phải chỉ số tăng trưởng MI, thể hiện rõ trạng thái và các quá trình (sự phân hủy và sự khoáng hóa) có lẽ đang diễn ra trong đất của khu vực được nghiên cứu. Vườn thứ nhất thì giàu dinh dưỡng nhưng bị áp lực bởi hóa chất. Vườn thứ hai khá ổn định, không chịu áp lực hóa chất, nhưng hàm lượng dinh dưỡng rất kém. Vườn thứ ba bị tác động bởi hóa chất nhưng ở mức độ thấp hơn vườn thứ nhất.

No abstract