En este artículo se analiza la argumentación de profesores de química en formación inicial a través del abordaje de una cuestión sociocientífica [CSC] sobre la anorexia asociada al metabolismo de aminoácidos. El trabajo siguió una metodología cualitativa microetnográfica. Se emplearon registros escritos y orales obtenidos durante la implementación de la secuencia basada en las implicaciones sociales de la anorexia. Para la fundamentación y análisis de los resultados, se utilizó el modelo de argumentación de Toulmin. El grado de argumentación alcanzado se determinó con los niveles argumentativos. Los resultados obtenidos indican que los niveles de argumentación predominantes en los profesores en formación son 0 y 1, razón por la cual la argumentación debe incorporarse de forma permanente y transversal en los currículos de formación de los futuros profesores de química para que así puedan ser capaces de favorecer mejores procesos de argumentación. En cuanto a su posición sobre el empleo de una CSC controvertida como la anorexia, los profesores en formación evidencian una comprensión amplia de la enfermedad, situación que contribuye a desarrollar el pensamiento crítico.