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A espécie Schinus terebinthifolius Raddi, conhecida como aroeira da praia, é utilizada na medicina tradicional para o tratamento de lesões e úlceras de pele e mucosas, infecções do sistema respiratório, digestivo e geniturinário. Sendo um dos maiores problemas enfrentados pela indústria de fitoterápicos a contaminação microbiana das matérias-primas, este trabalho objetivou avaliar a influência dos processos de autoclavação e microondas sobre a contaminação microbiológica e teor de taninos e flavonóides totais do pó e de extratos hidroalcoólicos de aroeira. Os extratos foram obtidos por maceração na proporção de 1:10 de planta/solvente com álcool a 40%, 50%, 60% e 70%. Os métodos microbiológicos utilizados foram o de contagem de microrganismos em placa por pour plate e o da pesquisa de patógenos, analisando em triplicata cada uma das amostras. Nos pós autoclavados houve apenas crescimento bacteriano (0,12 x 102 UFC/g). No processo por microondas ocorreu crescimento para bactérias (0,50 x 102 UFC/g) e fungos (0,10 x 102 UFC/g). Os pós quando não tratados, apresentaram maior crescimento de bactérias (3,68 x 102 UFC/g) e fungos (0,26 x 102 UFC/g). Os extratos tratados com álcool apresentaram menor contaminação microbiana. O processo de esterilização por autoclave não acarretou redução de polifenóis e taninos totais.