Infeksi Human Papillomavirus (HPV) tipe 11 dapat menyebabkan penyakit condyloma acuminate yang merupakan salah satu faktor risiko terjadinya kanker anogenital. Sampai saat ini, proses deteksi dini HPV kelompok low risk, termasuk untuk tipe 11 didasarkan pada metode polymerase chain reaction (PCR) umumnya pada gen L1. Namun terdapat kelemahan deteksi berdasarkan gen L1 yaitu tidak tersisipnya gen ini pada genom pasien yang terinfeksi dan laju mutasinya tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer berdasarkan urutan nukleotida gen E6 dari HPV tipe 11 dan melakukan pilot implementation penggunaan primer pada spesimen apusan serviks pasien rawat jalan RSUD Bangil, Jawa Timur. Pembuatan primer untuk deteksi keberadaan virus HPV tipe 11 dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Primer3 Plus, analisis dilakukan dengan Oligoanalyzer 3.1 dan BLASTn, yang semuanya merupakan perangkat lunak open source. Primer3 Plus dan BLASTn dari National Center for Biotechnology Information (NCBI), sedangkan Oligoanalyzer 3.1 dari Integrated DNA Technologies. Optimasi suhu penempelan (annealing) primer untuk identifikasi gen E6 HPV tipe 11 dilakukan pada gradien suhu 44-63°C. Proses pilot implementation primer dilakukan selama satu bulan pada pasien rawat jalan baru yang diduga terinfeksi HPV. Pasangan primer E11(+)/E11(-) telah dirancang, dengan urutan 5'-GTA AAG ATG CCT CCA CGT CT-3' dan 5'-CTA CTG TAG GTG CAT ATG CAG C-3', yang menempel dan memperbanyak area pada basa ke 8-268 dari gen E6. Pasangan primer tersebut memenuhi syarat sebagai primer ideal untuk deteksi HPV tipe 11 ditinjau dari berbagai parameter. Pada reaksi PCR dihasilkan hanya satu pita DNA berukuran ~260 bp pada gradien suhu antara 44-63°C dengan menggunakan template dari DNA pasien positif terinfeksi HPV tipe 11. Total terdapat empat pasien yang dirujuk oleh dokter selama periode pengambilan data untuk ditentukan kemungkinannya terinfeksi HPV. Satu di antara keempat pasien tersebut (B1) terdeteksi positif mengandung gen L1 dari HPV pada PCR menggunakan primer GP5(+)/GP6(+). Berdasarkan deteksi dengan pasangan primer E11(+)/E11(-), keempat sampel tersebut mengandung HPV tipe 11. Dapat disimpulkan bahwa primer E11(+)/ E11(-) yang didasarkan pada gen E6 dapat mendeteksi keberadaan HPV tipe 11 lebih akurat dibandingkan primer yang didasarkan pada urutan gen L1.