A gestão de materiais é um dos processos mais críticos nas farmácias-escola públicas brasileiras. Vários desafios se colocam em vista da necessidade de compatibilizar as exigências impostas tanto pela Lei 8666/93 quanto pela RDC nº 44/2009 ao processo de aquisição de medicamentos e matérias-primas, com a dinâmica do setor produtivo. Este estudo de caso buscou analisar as variáveis do processo de gestão de materiais que interferem positiva ou negativamente na administração de uma farmácia escola pública situada em Niterói. Através da observação direta e da análise documental, o processo foi mapeado. Os resultados de três pregões eletrônicos foram acompanhados, observando-se alto percentual de itens cancelados na aceitação do pregão (média 44,3; dp=28,3); apenas 29,5% dos produtos entregues no prazo; tempo médio de compras de 48,5 dias (dp=14,9) e uma média de 19.7 % de itens cancelados (dp=17). Entre os pontos críticos identificados destacam-se o sistema de informações gerenciais da logística de materiais e a comunicação com os fornecedores. Os resultados possibilitaram uma revisão dos processos logísticos da farmácia, com potencial redução nos episódios de ruptura de estoques.