O registro de patente é um dos indicadores utilizados para medir o desenvolvimento em inovação, tecnologia e crescimento econômico de uma determinada região. Este artigo buscou mapear o perfil das patentes depositadas pelas três principais Instituições Científicas, Tecnológicas e de Inovação (ICTs) do Estado de Sergipe: Universidade Federal de Sergipe (UFS), Universidade Tiradentes (UNIT) e Instituto Federal de Sergipe (IFS), tanto no Instituto Nacional de Propriedade Industrial (INPI) quanto no Escritório Europeu de Patentes (EPO - European Patent Office), entre 1980 e 2017. A pesquisa foi quantitativa, com estudo multicaso e análise comparativa e longitudinal dos dados. Encontraram-se 232 patentes, sendo 73,7% da UFS. A área de conhecimento com mais patentes foi a de Necessidades Humanas (51,9%). Apesar dos esforços das ICTs em desenvolver a ciência, tecnologia e inovação no Estado, divulgando seus portfólios de patentes e possuindo parcerias com ICTs de outras regiões do país, ressalta-se a importância de uma maior interação com as empresas e o governo, visando desenvolver e mobilizar o sistema local de inovação, explorando diferentes modalidades de transferência de tecnologia.