Objetivo: descrever o perfil clínico-epidemiológico do atendimento no Centro de Referência em Imunobiológicos Especiais de Hospital na Amazônia.Método: descritivo de abordagem quantitativa e analisado por meio da estatística descritiva e inferencial. O Sistema de Informação do Centro de Referência para Imunobiológicos Especiais (antigo) e Sistema de Informação do Programa Nacional de Imunização (atual) foram as bases utilizadas, entre 2006 e 2016.Resultados: foram administradas 77.077 doses de imunobiológicos; 25,2% corresponderam à vacina influenza inativada; insuficiência renal crônica foi a principal indicação (19%). O sistema atual registrou 18.267 doses de imunobiológicos administrados entre os anos de 2014 a 2016; sendo 37,8% correspondente à vacina influenza inativada; não foram informadas 42,5% das indicações, sendo HIV/AIDS 18,2%. Infectologia foi a especialidade que mais encaminhou para vacinação (18,3%).Conclusão: a acurácia dos dados foi comprometida pela falta de completude nos sistemas de informação. Observou-se subutilização do serviço pela população local.