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Objetivo: Avaliar o nível de aprendizado, satisfação e motivação sobre o curso de reanimação neonatal, comparando as avaliações dos alunos referentes a metodologia tradicional e Peer Instruction (PI). Métodos: Estudo do tipo experimental, abordagem qualiquantitativa realizada com acadêmicos do 5º ano de medicina, cursando o módulo prático de Pediatria. Os dados foram produzidos com aplicação de questionários com testes de múltipla escolha sobre reanimação neonatal e opiniões sobre as metodologias empregadas. Resultados: Os acertos das questões evidenciaram um nível de aprendizado semelhantes nas duas metodologias durante a primeira rodada de votação, porém na segunda rodada, onde os acertos foram de 30-70% os alunos conversaram com seus pares e votaram novamente, gerando uma diferença estatisticamente significativa (p=0,0065*). O grupo PI alcançou um desfecho estatisticamente significativo na resposta concordo totalmente (p=0,0325*). Os discentes de ambas metodologias discordam, em sua maioria, que haja barreiras de aprendizagem em relação às metodologias aplicadas sendo que o grupo PI obteve diferença estatisticamente significante na resposta discordo totalmente (p=0.0465*). O tema que gerou maior diferença estatística foi a motivação gerada na PI (p=0,0021*). Conclusão: O PI alcançou resultados promissores, confirmando-se como metodologia inovadora, capaz de gerar aprendizagem significativa.