El objetivo del presente trabajo fue determinar si los puestos de venta de carne de pollo son una fuente de contaminación con Escherichia coli shigatoxigénica (STEC) en mercados de abastos. Se tomaron hisopados de la superficie de manos, tablas de picar y mesas de expendio de 50 puestos de expendio de carne de pollo en el distrito de San Juan de Miraflores, Lima, Perú (n=150 muestras). Se realizó aislamiento microbiológico estándar e identificación molecular de los genes stx1, stx2 y eaeA mediante PCR. El 42% (63/150) y 25.3% (38/150) de las muestras fueron positivas a E. coli y STEC, respectivamente. El 84% (42/50) y 66% (33/50) de los puestos de venta poseían al menos una de las superficies contaminadas con E. coli y STEC, respectivamente. El 68.3% (43/63) de las cepas de E. coli aisladas fueron patógenas por presentar al menos un gen evaluado. De estas, 38 cepas fueron STEC y presentaron los genes stx1 (19.0%, 12/63), stx2 (14.3%, 9/63) y las asociaciones: stx1 y stx2 (12.7%, 8/63), stx1, stx2 y eaeA (6.3%, 4/63), stx2 y eaeA (4.8%, 3/63), y stx1 y eaeA (3.2%, 2/63). Se observaron prácticas de higiene deficientes en el puesto de venta y durante el expendio. Se confirma que los puestos de venta de carne de pollo del mercado limeño son fuente potencial de contaminación de STEC.