Objetivo: determinar la prevalencia de la ansiedad en estudiantes de estomatología durante la pandemia de la COVID-19 y su relación con la intención de dejar sus programas de estudio. Métodos: estudio descriptivo- transversal donde se aplicó una encuesta online donde se evaluó la salud mental de estudiantes y residentes de estomatología y la intención de abandonar sus estudios durante la COVID-19. Respondieron 917 estudiantes de 16 provincias. Se confeccionó encuesta de 24 ítems sobre intenciones de dejar los programas de estudios tanto en estudiantes de pregrado como residentes de especialidades, salud mental general desde el punto de vista de la ansiedad y efectos de la Pandemia de COVID-19. Para la determinación de la ansiedad se empleó la escala de trastorno de ansiedad generalizada. Se dicotomizaron las variables necesarias para efectuar los análisis y evaluó las relaciones bivariadas entre la intención de abandonar los programas de estudio y cada predictor mediante la generación de Relación de Momios como medida de tamaño del efecto.  Se realizaron pruebas de independencia para identificar diferencias en las proporciones. Resultados: El 37.4% de los estudiantes tuvieron Trastorno de Ansiedad Generalizada. La necesidad de bibliotecas (1.92 [1.34;2.74]), bibliotecas virtuales (2.19 [1.66;2.89]), servicios de tutoría (3.26 [2.47;4.32]), libros digitales (1.65 [1.26;2.17]) y otras necesidades (1.70 [1.06;2.75]). La ansiedad estuvo relacionada con la intención de abandonar sus carreras (3.05 [2.01;4.69]) e igual que la percepción de si la pandemia de la COVID-19 había impactado negativamente en su salud mental (1.87[1.20;2.99]. La regresión logística arrojó significación reafirmando los resultados. Conclusiones: Más de la cuarta parte de los participantes tuvo trastorno de ansiedad generalizada. El deseo de abandonar sus programas de estudio por los participantes estuvo relacionado la presencia de ansiedad y la autopercepción de estos de que la pandemia del COVID-19 ha impactado en su salud mental.