Introdução: Estudos anteriores relataram maior prevalência de Tuberculose e HIV entre os prisioneiros do que na população geral no Brasil, mas existem dados limitados disponíveis para facilitar o desenvolvimento de intervenções efetivas neste cenário de alta transmissão. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência e os fatores de risco associados à Tuberculose e ao HIV. Metodologia: Realizado questionário para a amostra de detentos de 12 prisões em Mato Grosso do Sul (Brasil), prova tuberculínica, coletado sangue para teste de HIV e duas amostras de escarro para baciloscopia e cultura de participantes que relataram tosse de qualquer duração, de Janeiro a Dezembro de 2013. Resultados: Foram recrutados 3.380 detentos, dos quais 2.861 (84,6%) eram homens de 8 prisões e 519 (15,4%) eram mulheres de 4 prisões. Entre os 1.020 (30%) indivíduos que relataram tosse, 691(68%) coletaram escarro e foram identificados 31 casos de tuberculose ativa, com uma prevalência de 917 por 100.000 detentos. A prevalência de tuberculose latente foi de 22,5% e 11,7% para homens e mulheres, respectivamente. Dos participantes, 55 (1,63%) são soropositivos: 45 (1,58%) homens e 10 mulheres (1,93%). Conclusões: Observou-se quea prevalência de tuberculose ativa e HIV são mais elevadas entre detentos do que na população geral, o que indica um alto risco de infecção e transmissão dentro dessas configurações. Para melhorar o controle da tuberculose nas prisões é necessária a detecção de casos de TB ativa em presídios através da triagem frequente e detecção de casos passiva e ativa.