Artículo de posesión para el ingreso como miembro correspondiente de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales el 7 de junio de 2017 ResumenColombia presenta una amplia gama de etnias amerindias, sin embargo, es preocupante la escasa y fragmentada información genética que se tiene de ellas. Comprender su estructura genética y niveles de flujo génico es urgente para inferir las relaciones filogenéticas, origen y procesos de mestizaje ocurridos a través del tiempo. En el presente estudio, utilizando marcadores ligados al cromosoma Y (Y-STR, Y-SNP) se analizaron 204 amerindios del occidente colombiano (131 procesados en este trabajo y 73 con datos tomados de la literatura) pertenecientes a las etnias Nasa (Páez), Coyaima, Pijao, Pastos, Awakuaiker, Emberá duma, Coconuco, Guambiano (Misak), Emberá chamí y Yanaconas. El haplogrupo Q1a2a1a1*-M3 presentó la mayor frecuencia en las etnias estudiadas (58% en promedio). Con la excepción de Pijaos y Yanaconas (frecuencias del 17% y 40%, respectivamente), los haplogrupos de origen amerindio Q1a2a1a1*-M3 y Q1a2*-M346 (M242, xM3), analizados en conjunto, fueron los más frecuentes (68% en promedio), alcanzando valores superiores al 80% en los Emberas, Guambianos y Awa. Los haplogrupos para linaje europeo presentaron una frecuencia promedio del 15%, mientras los africanos 6% y de otras procedencias (J, I, F, T y G) 11%. Fue observado un conjunto de alelos Y-STRs en proceso de fijación en estas comunidades y una estructura genética significativa (R ST = 0.15129), mostrando a los Pastos aislados de los demás grupos indígenas, sugiriendo una procedencia migratoria diferente y la posible influencia de la orografía andina en el flujo génico indígena. El presente trabajo hace una contribución importante al esclarecimiento de la estructura genética amerindia del occidente colombiano. © 2017. Acad. Colomb. Cienc. Ex. Fis. Nat. Genetic Structure of Indigenous Groups in West Colombia by Using Y-Chromosome Markers. AbstractColombia has a wide range of Amerindian ethnicities. However, there is a scarce and fragmented genetic information on them. Therefore, is urgent, understanding their genetic structure and gene flow to infer their phylogenetic relationships, their origin and mixing processes occurring over time. In the present study, using markers linked to Y chromosome (Y-STR and Y-SNP) were analyzed 204 indigenous from western Colombia (131 processed in this work and 73 with data taken from literature) belonging to the ethnic Nasa (Páez), Coyaima, Pijao, Pastos, Awakuaiker, Emberá duma, Coconuco, Guambiano (Misak), Emberá chamí and Yanaconas. The haplogroup Q1a2a1a1 * -M3 had the highest frequency in the populations studied (58% on average). With the exception of Pijaos and Yanaconas (frequencies of 17% and 40%, respectively), the haplogroups of Amerindian origin Q1a2a1a1*-M3 y Q1a2*-M346 (M242, xM3), analyzed together, were the most frequent (68% on average), reaching values higher than 80% in the Emberas, Guambianos and Awa. Haplogroups for European lineage pre...