Keanekaragaman pemahaman di kalangan pesantren tentang pluralisme agama merupakan suatu ambiguitas. Situasi ini mencerminkan adanya krisis epistemologis dalam pencarian makna kebenaran agama. Tulisan ini mencoba menjelaskan krisis epistemologis pesantren dalam mengkaji pluralisme agama. Data dalam penelitian ini meliputi simbol-simbol kebahasaan yang berupa konsep-konsep yang menonjol dan sering digunakan dalam diskursus tentang pluralisme agama, terutama yang menyelubungi nalar pesantren melalui tokohnya yang dituangkan dalam sejumlah karya. Metode Usaha ini membuahkan hasil yang berupa penjelasan tentang adanya persamaan nilai fundamental agama-agama yang berpusat pada adanya persamaan persaksian: lā ilāh illa Huwa. Ragam pandangan tentang pluralisme agama merupakan cermin dari adanya perbedaan dalam menanggapi relasi antara kebenaran tunggal dan dimensi faktual tentang yang plural itu sendiri. Di kalangan pluralis pesantren tidak ditemukan perbedaan yang tajam menyangkut adanya kebenaran pada setiap agama.