Vibriosis disease by Vibrio spp. greatly reduced productivity of aquaculture, such as brown-marbled grouper (Epinephelus fuscoguttatus), which is an economically important fish species in Malaysia. Preventive measures and immediate treatment are critical to reduce the mortality of E. fuscoguttatus from vibriosis. To investigate the molecular mechanisms associated with immune response and host-bacteria interaction, a transcriptomic analysis was performed to compare between healthy and Vibrio-infected groupers. This permits the discovery of immune-related genes, specifically the resistance genes upon infection. Herein, we provide the raw transcriptome data from Illumina HiSeq. 4000 that have been deposited into NCBI SRA database with the BioProject accession number PRJNA396437. A total of 493,403,076 raw sequences of 74.5 Gb were obtained. Trimming of the raw data produced 437,186,232 clean reads of ~58 Gb. These datasets will be useful to elucidate the defence mechanisms of E. fuscoguttatus against Vibrio vulnificus infection for future development of effective prevention and treatment of vibriosis.

Abstrak: Vibriosis adalah penyakit akuatik berleluasa yang disebabkan oleh spesies Vibrio dan telah menyebabkan kerugian yang besar terhadap spesis akuatik terutamanya kerapu harimau, Epinephelus fuscoguttatus. Kerumitan mekanisme molekul yang berkaitan dengan pertahanan imun ikan dapat dikaji melalui pendekatan seperti analisis transkriptomik. Kualiti dan kuantiti jumlah RNA yang tinggi adalah penting dalam ketepatan penjujukan RNA dan analisis pengekspresan gen. Kualiti RNA yang rendah akan menjejaskan analisis dan mengakibatkan kerugian masa dan wang sekiranya data perlu dianalisa semula. Oleh itu, kaedah pengekstrakan RNA yang andal dan cekap adalah langkap pertama dan paling penting untuk mendapatkan RNA jumlah yang berkualiti tinggi terutamanya bagi kajian pengekspresan gen. Terdapat banyak aspek yang perlu diambil kira apabila memilih kaedah pengekstrakan seperti keberkesanan protokol tersebut, tempoh pendedahan kimia, tempoh masa yang diambil untuk pengekstrakan dan bilangan pemindahan sampel. Protokol pengekstrakan RNA yang baik juga perlu dapat menghasilkan jumlah dan ketulenan RNA yang tinggi dan bebas daripada perencat enzim seperti nuklease (RNase), fenol, alkohol, sisa bahan kimia, protein, dan genomik DNA bagi memastikan keutuhan RNA yang diekstrak sentiasa dalam keadaan baik. Dalam kajian ini, TransZol TM Up Plus menghasilkan sampel RNA yang bersih dan tulen daripada tisu insang kawalan sahaja tetapi bukan daripada tisu insang yang dijangkiti dan juga tisu seluruh badan ikan. Kaedah konvensional CTAB (conventional hexadecyltrimethylammonium bromide) yang diubah suai kemudiannya digunakan sebagai kaedah alternatif untuk mengasingkan RNA dari insang dan tisu badan E. fuscoguttatus yang dijangkiti Vibrio. Kaedah CTAB telah menghasilkan jalur RNA yang utuh pada elektroforesis gel dengan nilai RIN yang lebih tinggi (>6.5), maka kaedah ini juga sesuai dalam pengekstrakan RNA jumlah yang berkualiti tinggi daripada sampel E. fuscoguttatus. Oleh itu kaedah ini berpotensi untuk digunapakai dalam pengestrakan RNA daripada spesis ikan terutamanya yang telah dijangkiti penyakit.

No abstract