Introducción. La empatía es un atributo que permite a los odontólogos establecer una relación intersubjetiva con sus pacientes, lo que contribuye a un tratamiento exitoso, entre otros beneficios. Objetivo. Determinar si hay variabilidad en los niveles de empatía entre dos poblaciones de estudiantes de odontología y describir teóricamente las implicaciones generales de esta variabilidad en estrategias de intervención. Materiales y métodos. Estudio exploratorio transversal. La población de estudio consistió de estudiantes de odontología de 1er a 5to año de la Universidad Santiago de Cali, Colombia (n=610; N=647) y la Universidad San Sebastián, Chile (n=535; N=800). En ambos grupos, la empatía se midió con la Escala de Empatía de Jefferson (Versión S). Para el análisis de los datos se utilizó estadística descriptiva (media y desviación estándar). La consistencia interna de los datos se estimó mediante el alfa de Cronbach y el coeficiente de correlación intraclase. Se realizó un análisis de varianza factorial: tres factores estudiados: Universidad (U), Curso (C) y Sexo (S). El nivel de significancia estadística utilizado fue de α≤ 0.05 y β≤ 0.20. Resultados. Se observaron diferencias en el nivel de empatía y algunas de sus tres dimensiones entre los estudiantes de ambas universidades y entre los cursos (1er-5to año). No se observaron diferencias entre sexos. Conclusiones. Existe variabilidad en los niveles de empatía entre los estudiantes de ambas universidades. Para aumentar los niveles de empatía en esta población en Latinoamérica se requiere la implementación de estrategias específicas de intervención empática en cada programa de odontología ofrecido en la región.