Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi miskonsepsi siswa pada konsep Archaebacteria dan Eubacteria. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan instrumen berupa pilihan ganda beralasan terbuka sebagai alat ukur. Unit analisis dalam penelitian adalah siswa MAN kelas X berjumlah 72 orang. Hasil analisis ditemukan ketidakpahaman pada konsep Archaebacteria dan Eubacteria (61%) yang mendominasi kategori lainnya. Sedangkan kategori Paham konsep dan Miskonsepsi hanya sebesar 19% dan 20%. Miskonsepsi yang dialami siswa dari hasil diagnosa alasan terbuka menunjukkan lebih banyak miskonsepsi utuh dibandingkan dengan miskonsepsi sebagian. Miskonsepsi utuh teridentifikasi dengan siswa beranggapan bahwa bakteri lebih banyak menimbulkan kerugian daripada keuntungan bagi manusia dan lingkungan.