The aim this study was to determine the condition of bottom substrate base of Sempu Island Nature Reserve of Malang that was very important to know the coral reef composition to support living creatures in this area. The research was conducted on December 8-9, 2017, the substrates data was taken by using Point Intercept Transect (PIT) for 100 m along of coast of Sempu Island (Reef Check Indonesia), the transect was divided into four parts 20 meters each segment and 5 m blank between segments.  The data was taken into three stations, they were Teluk Semut 1 , Teluk Semut 2, and Watu Meja. The results of this study indicate that the basic substrate of waters at Sempu Island Nature Reserve is divided into two: living (HC = Hard Coral, SC = Soft Coral, NIA = Nutrien Indicator Algae, SP = Sponge and OT = Other) and non-living (RKC = Ricently Killed Coral, RC = Rock, RB = Rubble, SD = Sand and SI = Silt). Teluk Semut Station 1 was dominated by the rubble (39%), Teluk Semut 2 station and Watu Meja were dominated by hard coral (53%). In conclusion, from three monitored stations showed that the life coral percentage in Sempu Island water was significane changed during last one year where in Teluk Semut 1 the coral coverage decreased to 21.75%, while in Teluk Semut 2 and Watu Meja was increased up to 42.38% and 25.5% respectively. The natural and non-natural factors may have influenced the changed of substrate cover in Sempu Island water during this last year.

Invertebrata (Hewan tak bertulang belakang) mempunyai beberapa peran penting untuk perairan dan ekosistem terumbu karang, baik sebagai bioindikator, ekonomis penting, atau diambil sebagai penghias akuarium. Sebagai contoh bulu seribu (Acanthaster planci) merupakan hewan yang terkenal akan kemampuannya melakukan predasi pada jaringan karang, dan bulu babi (Diadema sp) yang dapat melakukan grazing pada alga di ekosistem terumbu karang. Penelitian ini mempunyai tujuan yaitu mengetahui kelimpahan Invertebrata dan hubungannya dengan indeks bioindikator, ekonomis konsumsi, dan komoditas koleksi. Pengamatan dilakukan Pulau Sempu dibagi menjadi beberapa stasiun, diantaranya Teluk Semut 1, Teluk Semut 2 dan Watu Meja. Pendataan hewan invertebrata di lokasi pengambilan data menggunakan metode Reef Check dengan cara menggelar belt transect sepanjang 100 m yang terbagi menjadi 4 segment sepanjang 20 m. Pengamatan dan pengambilan data dilakukan secara zigzag sehingga data yang dihasilkan lebih lengkap dan dapat mempresentasikan persebaran invertebrata yang ada di setiap stasiun di perairan pulau sempu. Hasil pendataan dari ketiga stasiun ini terdapat sebanyak 1 ekor Banded Coral Shrimp, 2 ekor Diadema urchin, 1 ekor Pencil urchin, 1 ekor Colector Urchin, dan 1 buah Giant clam dengan besar 10-20 cm. Sedikitnya jumlah kelimpahan invertebrata berbanding lurus dengan kondisi terumbu karang yang ada di perairan selat sempu. Beberapa hewan invertebrata yang ditemukan dapat dikonsumsi atau dijual dan menjadi mata pencaharian alternatif selain menangkap dan budidaya ikan. Secara ekologi keberadaan avertebrata laut di Pulau Sempu berperan sebagai salah satu alat biomonitoring kondisi dan kesehatan terumbu karang diperairan tersebut.