El objetivo de esta investigación fue determinar la eficacia que tiene un programa de actividad física sobre el rendimiento escolar de estudiantes de una escuela primaria pública del municipio de Querétaro, México. La metodología que se utilizó fue cuantitativa, de alcance descriptivo y correlacional. Se aplicó un diseño cuasiexperimental de pretest, postest y grupo control con una intervención durante nueve meses a 73 estudiantes. Los instrumentos de recolección de datos fueron un cuestionario, que obtuvo un coeficiente de fiabilidad de alfa de Cronbach de 0.796, una encuesta sobre el nivel socioeconómico, una batería de coordinación motriz (KTK) y un instrumento para medir el rendimiento académico (TERA). Para los análisis estadísticos se utilizaron las técnicas estadísticas de ji al cuadrado y la prueba t de Student. Dentro de los resultados se encontró una asociación significativa entre la actividad física y el rendimiento académico; también se halló una correlación en la actividad física y el desarrollo motriz en los estudiantes. Sin embargo, no se reveló asociación alguna entre el nivel socioeconómico y las variables de rendimiento académico y actividad física. Se concluye que no existen hábitos sobre la actividad física, que las horas destinadas a la práctica de la actividad física en las escuelas son insuficientes y que el rendimiento académico en las instituciones de nivel básico presenta atrasos educativos que deben ser atendidos de manera integral.