É sabido que os fenômenos El Niño e o anti-El Niño denominado La Niña influenciam o regime de chuva da bacia hidrográfica do rio São Francisco, em conseqüência, por ser a chuva a principal variável de entrada de uma bacia hidrográfica, a produção de água, superficial e subterrânea é também influenciada. Atualmente se discute, em nível nacional, a proposta secular de transposição das águas do rio São Francisco para as localidades mais setentrionais do Nordeste do Brasil, um projeto hidráulico e polêmico. Como se sabe o principal entrave, para o bom andamento desse projeto de transposição, é político, mas devidamente ancorado em argumentos técnicos questionáveis. Um desses defende que, em anos de ocorrência do fenômeno El Niño, a produção de água na bacia hidrográfica do rio São Francisco seria diminuída.A partir da informação qualitativa de que em anos de ocorrência de El Niño há maior produção de água nessa bacia, o objetivo deste trabalho é o de verificar e quantificar os possíveis impactos do fenômeno El Niño nos totais mensais precipitados, no âmbito dessa bacia hidrográfica.Com base nos valores dos índices de anomalias das Temperaturas da Superfície da água do Mar (TSM) e nos Totais Mensais Precipitados (TMP) sobre a bacia do Rio São Francisco efetuou-se correlações lineares múltiplas entre os valores dessas variáveis. Verificou-se que, ao contrário do que se dizia, o impacto do fenômeno El Niño na produção de água, no âmbito da bacia hidrográfica do rio São Francisco, é positivo. Ou seja, em anos de El Niño a bacia produz mais água do que em anos de La Niña. Portanto, a afirmação de que a retirada das águas do rio São Francisco, para abastecer os Estados setentrionais do Nordeste do Brasil, causa prejuízos às atividades de geração de energia elétrica, irrigação e abastecimento público, em anos de ocorrência do El Niño é, no mínimo, questionável.