Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi E. suis pada babi yang dipotong di Rumah Potong Hewan (RPH) Pegirian, Surabaya. Sebanyak 63 sampel feses babi dikoleksi dari RPH Pegirian Surabaya. Deteksi morfologis Entamoeba spp. dilakukan dengan metode apung (analisis parasitologi). Selain itu, penentuan spesies E. suis dilakukan dengan PCR menggunakan primer Esuis764 (5’-ATC AAA TCA ATT AGG CAT AAC TA-3’) dan Esuis765 (5’-AAT TAA AAC CTT ACG GCT TTA AA-3’) dan prodak PCR yang diharapkan adalah 320 bp. DNA dari sampel positif diekstraksi dengan DNAzol. PCR dilakukan pada beberapa sampel positif yang dipilih secara acak dari analisis parasitologi. Hasil penelitian menunjukkan 57,14% (36/63) sampel secara morfologis positif Entamoeba sp. Hasil penentuan spesies berdasarkan analisis molekuler menemukan bahwa protozoa yang menginveksi babi di Rumah Potong Hewan Pegirian, Surabaya adalah E. suis.