Resumo Introdução: a incidência de zoonoses é alta no Brasil. O agente de combate a endemias (ACE) é um dos principais atores no enfrentamento destas doenças. Objetivo: Identificar e compreender a percepção do ACE sobre o seu trabalho, com enfoque na relação entre trabalho e saúde. Métodos: estudo transversal, qualitativo, sob o aporte teórico das clínicas do trabalho. Utilizou-se pesquisa bibliográfica e documental, grupo focal e análise de conteúdo. O trabalho foi realizado em Belo Horizonte (MG), no período de março de 2016 a abril de 2017. Resultados: o serviço de zoonoses é percebido pelos profissionais como não integrado à área da saúde, e essa seria uma das causas da precariedade das condições de trabalho, do sentimento de invisibilidade e da marginalização simbólica e concreta vivenciada. Os trabalhadores reconhecem os riscos à saúde a que estão expostos, com destaque para a violência, falta de equipamentos de segurança adequados e riscos psicossociais. Conclusão: a pesquisa revela a invisibilidade e o sofrimento vivenciado pelos ACE e a necessidade de mudanças na organização do trabalho visando à proteção da saúde desses trabalhadores.