Resumo Contexto A cirurgia bariátrica é considerada a melhor opção para o tratamento da obesidade, cujos pacientes são considerados de alto risco para fenômenos tromboembólicos. Objetivos Comparar o uso de doses diferentes de heparina de baixo peso molecular (HBPM) na profilaxia da trombose venosa profunda (TVP) em pacientes candidatos à cirurgia bariátrica em relação ao risco de TVP, alteração na dosagem do fator anti-Xa e sangramento pré ou pós-operatório. Métodos Estudo comparativo transversal em pacientes submetidos à cirurgia bariátrica distribuídos em dois grupos, que receberam doses de HBPM de 40 mg (grupo controle, GC) e 80 mg (grupo de estudo, GE). Foram avaliados por ultrassonografia vascular e dosagem de KPTT, TAP, plaquetas e fator anti-Xa. Resultados Foram avaliados 60 pacientes, sendo 34 no GC e 26 no GE. Foi observada diferença significativa somente no peso (p = 0,003) e índice de massa corporal (p = 0,018) no GE em relação ao GC. Não houve diferença na dosagem de KPTT, TAP, plaquetas e fator anti-Xa entre os grupos. Não foram detectados TVP ou sangramentos significativos em ambos os grupos. Conclusões Não houve diferença estatisticamente significativa na utilização de doses maiores de HBPM na profilaxia da TVP em pacientes candidatos à cirurgia bariátrica em relação ao risco de TVP, dosagem do fator anti-Xa e sangramento pré ou pós-operatório.