Kemampuan berpikir kritis merupakan bagian dari keterampilan abad 21 yang harus diasah dan dikembangkan bagi peserta didik melalui proses pembelajaran, termasuk pembelajaran di Sekolah Dasar. Tantangan yang dialami adalah bagaimana mengasah kemampuan berpikir kritis siswa melalui pembelajaran daring di masa pandemi covid-19. Penelitian ini memiliki tujuan untuk mengetahui penerapan Problem Based Instruction berbantuan e-learning dan pengaruhnya terhadap kemampuan berpikir kritis peserta didik di Sekolah Dasar. Penelitian ini dilaksanakan di SDN Jatisampurna X Bekasi. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimen. Desain penelitian ini berupa Pre-Experimental berupa One Group Pretest Posttest. Teknik pengambilan sampel penelitian ini adalah sampel jenuh. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 27 peserta didik kelas V. Teknik pengumpulan data dilakukan melalui tes tertulis berbentuk uraian. Teknik analisis data yang dipergunakan penelitian ini berupa uji-t. Berdasarkan hasil uji t, diperoleh bahwa t_(hitung =) 9,62>t_tabel= 1,70 , maka terdapat pengaruh penerapan Problem Based Instruction melalui e-learning terhadap kemampuan berpikir peserta didik. Selain itu, penelitian ini menunjukkan bahwa kemampuan peserta didik dalam memberi penjelasan meningkat hingga 61%, kemampuan mmebangun keterampilan dasar meningkat hingga 64%, kammpuan melakukan inferensi meningkat sebesar 70%, kemampuan peserta didik dalam memberi penjelasan leih lanjut juga meningkat hingga 95%, serta kemampuan dalam melakukan pengaturan strategi dan taktik meningkat hingga 93%.