Vários gêneros de cianobactérias produzem metabólitos secundários tóxicos, entre eles as hepatotoxinas microcistinas. A análise de microcistinas em águas para abastecimento humano é uma exigência do Ministério da Saúde (Portaria 518/2004), mas essa portaria ainda não estabelece o método de extração e análise a serem usados e a quantificação da toxina é comumente realizada por ELISA ("enzyme-linked immunosorbent assay") ou HPLC (cromatografia líquida de alta eficiência), cuja eficiência depende do método de extração utilizado. Neste trabalho foi desenvolvido um método simples, rápido e barato de extração para o isolamento e identificação de microcistinas. Para isso, selecionou-se a linhagem Microcystis aeruginosa NPLJ-4 descrita como produtora de microcistina-LR. Oito diferentes tratamentos foram testados para determinar a melhor extração da toxina. As amostras foram analisadas por LC-MS (cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas), ELISA e Q-TOF ("quadrupole time-of-flight"). Os resultados mostraram que a melhor extração foi a que usou sonicação das amostras diluídas em água. O método proposto permite o processamento rápido das amostras e estabelece um método de extração para análise e identificação de microcistina-LR e outras variantes.Several cyanobacterial genera produce toxic secondary metabolites, the most well-known of which are the hepatotoxic microcystins (MCYSTs). Microcystin analyses in drinking water are a requirement of the Health Ministry (Regulation 518/2004) in Brazil, but this regulation does not establish which extraction and analytical method should be used; toxin quantification is usually carried out by ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) or HPLC (high performance liquid chromatography), the efficiency of which depends on the extraction method used. In this work a simple, fast and cheap method of extraction was developed for the isolation and identification of MCYSTs. For this, the strain Microcystis aeruginosa NPLJ-4, reported to be a MCYST-LR producer, was selected. Eight different treatments were tested to determine the best MCYST extraction. Samples were applied in LC-MS (liquid chromatography-mass spectrometry), ELISA and Q-TOF (quadrupole time-of-flight). The most efficient extraction was achieved by sonicating samples diluted in water. The proposed method permits rapid sample processing, and establishes an extraction method for both the analysis and identification of MCYST-LR and other variants.