Trichoderma es un hongo con múltiples aplicaciones biotecnológicas agrícolas. La más importante es la capacidad de inhibir el crecimiento, la esporulación y la germinación de esporas de hongos patógenos. Una gran variedad de investigaciones se centra en estudiar el potencial biológico y la formulación a base de especies de Trichoderma con actividad inhibitoria sobre microorganismos, lo que genera que estas prácticas sean más eficaces en un amplio rango de condiciones ambientales, de especies de plagas y de sistemas de cultivos. La presente revisión ofrece una visión específica sobre los reportes de los metabolitos secundarios identificados en cepas del hongo de género Trichoderma con aplicación biotecnológica en la generación de productos agrícolas biocontroladores, con un enfoque prometedor para el descubrimiento de nuevos agentes de control basados en alternativas agroecológicas en el manejo integrado de hongos, bacterias, parásitos e insectos.