We have developed a set of tools to construct positional weight matrices from known transcription factor binding sites in a species or taxon-specific manner, and to search for matches in DNA sequences.

Se determinó los efectos de aptitud combinatoria general (ACG) y especifica (ACE) para rendimiento de grano y sus componentes, además de estimar el grado de dominancia, heterosis y heredabilidad, con el propósito de identificar y evaluar patrones heteroticos entre líneas endogámicas de maíz desarrolladas a partir de germoplasma nativo del centro y sur de Tamaulipas. Las 30 cruzas directas y recíprocas, así como sus progenitores se evaluaron en Güemez y Rio Bravo, estado de Tamaulipas, durante el ciclo otoño-invierno de 2012-2013. La unidad experimental consistió de un surco de 5 m de longitud, con una distancia entre surcos de 0.8 m y de 0.25 m entre plantas. Las evaluaciones se establecieron en un diseño de bloques completos al azar con tres repeticiones. Se midió rendimiento de grano (RGha), longitud de mazorca (LMZ), diámetro de mazorca (DMZ), número de granos por mazorca (NGM), altura de planta (AP), peso individual de grano (PIG) y días a f loración masculina (DFM). Para estimar losefectosdeACGyACEseempleóelmétodoIdeGriffing. Los resultados obtenidos del análisis combinado indicaron diferencias signif icativas para los genotipos. Los progenitores L1, L2, L4, L5 y L6 estuvieron involucrados en las mejores cruzas para rendimiento de grano, mientras que las cruzas L1 × L5, L2 × L4 y L5 × L6 mostraron efectos positivos de heterosis y ACE.LascruzasL4×L3,L4×L5,L5×L4,L5×L6,L6× L4 L6 × L5 mostraron rendimientos de grano superiores a la media. Los efectos aditivos fueron el componente principal para la expresión de las variables evaluadas.

Bacterial small RNAs (sRNAs) play a vital role in pathogenesis by enabling rapid, efficient networks of gene attenuation during infection. In recent decades, there has been a surge in the number of proposed and biochemically-confirmed sRNAs in both Gram-positive and Gram-negative pathogens. However, limited homology, network complexity, and condition specificity of sRNA has stunted complete characterization of the activity and regulation of these RNA regulators. To streamline the discovery of the expression of sRNAs, and their post-transcriptional activities, we propose an integrative in vivo data-mining approach that couples DNA protein occupancy, RNA-seq, and RNA accessibility data with motif identification and target prediction algorithms. We benchmark the approach against a subset of well-characterized E. coli sRNAs for which a degree of in vivo transcriptional regulation and post-transcriptional activity has been previously reported, finding support for known regulation in a large proportion of this sRNA set. We showcase the abilities of our method to expand understanding of sRNA RseX, a known envelope stress-linked sRNA for which a cellular role has been elusive due to a lack of native expression detection. Using the presented approach, we identify a small set of putative RseX regulators and targets for experimental investigation. These findings have allowed us to confirm native RseX expression under conditions that eliminate H-NS repression as well as uncover a post-transcriptional role of RseX in fimbrial regulation. Beyond RseX, we uncover 163 putative regulatory DNA-binding protein sites, corresponding to regulation of 62 sRNAs, that could lead to new understanding of sRNA transcription regulation. For 32 sRNAs, we also propose a subset of top targets filtered by engagement of regions that exhibit binding site accessibility behavior in vivo. We broadly anticipate that the proposed approach will be useful for sRNA-reliant network characterization in bacteria. Such investigations under pathogenesis-relevant environmental conditions will enable us to deduce complex rapid-regulation schemes that support infection.

Tamaulipas se ubica dentro de la región de origen, domesticación y diversificación del maíz, posee una diversidad importante; sin embargo, en los últimos años ha aumentado el riesgo de erosión genética de este recurso fitogenético. Lo anterior propició que en el 2001, investigadores de la Facultad de Ingeniería y Ciencias de la Universidad Autónoma de Tamaulipas iniciarán un programa de manejo, conservación y mejoramiento de germoplasma de maíz en colaboración con investigadores del Colegio de Postgraduados y del CIRNE-INIFAP, dentro de diversos proyectos de investigación. Entre los logros más relevantes se encuentran: la conservación de 215 muestras de maíz nativo, dentro de este germoplasma se observó una amplia variabilidad fenológica en un rango desde 50 hasta 90 días a floración, 100 a 150 días a madurez fisiológica, germoplasma con adaptación a restricción de humedad y temperatura alta, alto potencial de rendimiento grano y forraje.