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Klebsiella pneumoniae productora de β-lactamasas de espectro extendido (BLEE) es un agente microbiano involucrado en infecciones graves en ambientes hospitalarios con altas tasas de mortalidad y morbilidad, debido a las escasas alternativas terapéuticas disponibles y a su rápida adquisición de genes de resistencia a diversos antibióticos. El objetivo fue determinar la prevalencia de genes de enzimas modificadoras de aminoglucósidos (EMAs) en Klebsiella pneumoniae productora de β-lactamasas de espectro extendido. Cuarenta y dos aislados de Klebsiella pneumoniae fueron incluidos en este estudio y provienen de varios centros hospitalarios de Quito, colectados de Mayo de 2005 a Agosto de 2008. Se confirmó su identificación fenotípica, genotípica, la producción de BLEE y perfil de  resistencia a 30 antibióticos por métodos estándares. La detección de los genes EMAs se realizó por PCR utilizando iniciadores de identificación de los genes ant(2")-Ia, aac(6')-Ib y aac(3)-IIa. Los aislados mostraron una mayor producción de cefotaximasas sobre ceftazidimasas. Se registró alta resistencia a β-lactámicos, mientras que, no se registró resistencia a polimixina B, colistina, tigeciclina. Fue evidente la alta prevalencia de genes EMAs en la población estudiada.