BackgroundCassava, Manihot esculenta Crantz, is one of the most important crops world-wide representing the staple security for more than one billion of people. The development of dense genetic and physical maps, as the basis for implementing genetic and molecular approaches to accelerate the rate of genetic gains in breeding program represents a significant challenge. A reference genome sequence for cassava has been made recently available and community efforts are underway for improving its quality. Cassava is threatened by several pathogens, but the mechanisms of defense are far from being understood. Besides, there has been a lack of information about the number of genes related to immunity as well as their distribution and genomic organization in the cassava genome.ResultsA high dense genetic map of cassava containing 2,141 SNPs has been constructed. Eighteen linkage groups were resolved with an overall size of 2,571 cM and an average distance of 1.26 cM between markers. More than half of mapped SNPs (57.4%) are located in coding sequences. Physical mapping of scaffolds of cassava whole genome sequence draft using the mapped markers as anchors resulted in the orientation of 687 scaffolds covering 45.6% of the genome. One hundred eighty nine new scaffolds are anchored to the genetic cassava map leading to an extension of the present cassava physical map with 30.7 Mb. Comparative analysis using anchor markers showed strong co-linearity to previously reported cassava genetic and physical maps. In silico based searching for conserved domains allowed the annotation of a repertory of 1,061 cassava genes coding for immunity-related proteins (IRPs). Based on physical map of the corresponding sequencing scaffolds, unambiguous genetic localization was possible for 569 IRPs.ConclusionsThis is the first study reported so far of an integrated high density genetic map using SNPs with integrated genetic and physical localization of newly annotated immunity related genes in cassava. These data build a solid basis for future studies to map and associate markers with single loci or quantitative trait loci for agronomical important traits. The enrichment of the physical map with novel scaffolds is in line with the efforts of the cassava genome sequencing consortium.Electronic supplementary materialThe online version of this article (doi:10.1186/s12864-015-1397-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.

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Protein structure is commonly regarded to be conserved and to dictate function. Most proteins rely on conformational flexibility to some degree. Are regions that convey conformational flexibility conserved over evolutionary time? Can changes in conformational flexibility alter protein function? Here, the evolutionary dynamics of structurally ordered and disordered (flexible) regions are investigated genome-wide in flaviviruses, revealing that the amount and location of structural disorder fluctuates highly among related proteins. Some regions are prone to shift between structured and flexible states. Increased evolutionary dynamics of structural disorder is observed for some lineages but not in others. Lineage-specific transitions of this kind could alter the conformational ensemble accessible to the same protein in different species, causing a functional change, even if the predominant function remains conserved. Thus, rapid evolutionary dynamics of structural disorder is a potential driving force for phenotypic divergence among flaviviruses.

sinopsisEs*^ trabajo, que es continuación de otro aparecido en INFORMES DE LA CONSTRUCCIÓN, número 272 (julio 1975), estudia el comportamiento resistente de pilares de hormigón armado reforzados en pisos aislados, por otros cuatro procedimientos diferentes:-Dos de los métodos de refuerzo actualmente utilizados son una mejora de los empleados en el trabajo anterior. Consisten en el recrecido de la sección transversal con hormigón que penetra en cajeras practicadas en el hormigón original o adosado de angulares de acero a las aristas del pilar con capitel de angulares contra el forjado, pero procurando el mejor ajuste entre hormigón y acero mediante resinas.-Los otros dos métodos son nuevos en nuestra experimentación. Consisten en crear una camisa exterior de hormigón con armadura de zuncho y en la solución metálica en atravesar el pilar con una doble T que transfiera parte de la carga directamente a dos presillas más robustas y, por tanto, dar menos importancia a la transmisión de esfuerzos por ei capitel que siempre es algo flexible. INTRODUCCIÓNCon este trabajo y, continuando otro anterior (INFORMES DE LA CONSTRUCCIÓN, núm. 272, julio 1975), hemos pretendido conocer el comportamiento resistente de cuatro nuevas formas de refuerzo de pilares de hormigón armado.Al igual que en la ocasión anterior, se ha estudiado dicho comportamiento resistente suponiendo el refuerzo aplicado a pisos aislados, o sea, sin establecer continuidad del refuerzo hacia arriba y hacia abajo en toda la línea del pilar, porque, de esta última forma, la capacidad resistente del refuerzo se aprovecha en su mayor parte, pero a base de un coste bastante más alto.De los métodos de refuerzo utilizados en esta ocasión, dos son una mejora de los empleados en la anterior experimentación. Consisten en el recrecido de la sección transversal con hormigón que penetra en cajeras practicadas en el hormigón original y en el adosado de angulares de acero a las aristas del pilar con capitel de angulares contra el forjado, pero procurando el mejor ajuste y adherencia entre hormigón y acero por medio de resinas.* Los trabajos se han realizado en los Laboratorios de la Cátedra de Estructuras, de la Escuela Superior de Ingenieros Industriales de Bilbao, y en los Laboratorios de Ensayos e Investigación Industrial «L. J. Torrontegui», anexos, con cargo a una Ayuda a la Investigación concedida por el Ministerio de Educación y Ciencia.Los otros dos métodos presentan diferente planteamiento mecánico. Se basan en crear una camisa exterior de hormigón con armadura de zuncho y en la solución metálica atravesar el pilar con una doble T que transfiera parte de la carga directamente a dos presillas más robustas y, por tanto, dar menos importancia a la transmisión de esfuerzos por el capitel que siempre es algo flexible.Se llevaron a cabo trabajos de fabricación de los pilares originales, su refuerzo en cuatro formas diferentes y su rotura en prensa, lo cual permitió comparar resultados, dado que era común el hormigón del pilar original con el de los que luego se reforza...