As metodologias ativas de aprendizagem são práticas inovadoras que proporcionam ao estudante o protagonismo no desenvolvimento das atividades, além de permitirem a construção significativa do conhecimento e a interação entre os conteúdos. Este estudo teve como objetivo aplicar as metodologias ativas de aprendizagem e o método interdisciplinar para o ensino de microbiologia em um clube de ciências. Para tal, o módulo de microbiologia foi trabalhado de forma integrada nas disciplinas de ciências e inglês com as turmas do 4°, 5°, 6°, 7°, 8° e 9° ano do Ensino Fundamental II. Todas as práticas foram realizadas em equipes e empregou-se as metodologias ativas de aprendizagem, nas quais os estudantes realizaram os experimentos. Durante todas as etapas das atividades os estudantes mostraram-se ativos e engajados, sendo protagonistas de todas as atividades. Ao final, no fechamento das atividades, observou-se que compreenderam a interdisciplinaridade entre as disciplinas.