A Floresta Ombrófila Mista (FOM), fitofisionomia da Mata Atlântica (MA), vem sofrendo redução de sua área original a pequenos fragmentos florestais, o que promove impactos na biodiversidade e no ambiente. As nascentes de água existentes nesses fragmentos desempenham papel crucial para a manutenção dos serviços ecossistêmicos prestados por esse bioma, que fornecem os recursos hídricos necessários ao abastecimento de cidades. Dentre os organismos presentes nesses ecossistemas aquáticos destacam-se os macroinvertebrados bentônicos. O objetivo deste estudo foi comparar a estrutura da fauna destes organismos em duas nascentes, uma superficial e uma subterrânea, ambas localizadas em fragmentos de FOM. O sedimento foi coletado por meio do amostrador Surber e os organismos foram identificados até o menor nível taxonômico possível. Posteriormente, foram realizados cálculos dos índices ecológicos e uma análise de rede para as comunidades. Os resultados demonstraram que a nascente subterrânea apresentou maior abundância com 232 organismos coletados, onde Elmidae (51%), Chironomidae (29%) e Calamoceratidae (10%) foram os táxons mais frequentes. Porém, a nascente superficial obteve maior valor de diversidade, e os táxons mais frequentes foram Chironomidae (39%), Elmidae (15%) e Polycentropodidae (10%). Os táxons Oligochaeta, Elmidae, Parametriocnemus, Stenochironomus, Endotribelus, Caladomyia e Tipulidae foram compartilhados por ambas as nascentes. Conclui-se que mesmo pertencendo a fragmentos florestais preservados e de um mesmo bioma, a localização física da nascente (superficial ou subterrânea) faz com que os organismos habitantes sejam diversos. Isso demonstra que a heterogeneidade de habitats e as condições ambientais distintas interferem na estrutura da comunidade bentônica existente em nascentes.