ResumoObjetivou-se avaliar a diversidade genética de ovinos Santa Inês em fazendas no Estado do Piauí, utilizando marcadores RAPD. Foram analisados 164 espécimes pertencentes a seis municípios das mesorregiões Centro-Norte e Sudoeste. Após a obtenção do DNA, avaliou-se o potencial de 34 iniciadores, dos quais apenas cinco mostraram bandas passíveis de análise. Foram amplificados 37 locos distintos, sendo 36 polimórficos. Apesar do alto polimorfismo geral (97,2%) a taxa de polimorfismo intrapopulacional foi reduzida (média = 69,82%/população), mostrando que o conjunto dos rebanhos apresenta alta diversidade, mas que cada população isolada pode estar sofrendo efeitos da endogamia. Os índices de diversidade genética (Hs) e de endogamia (f) apresentaram, respectivamente, valores de 0,289 e 0,172. Ambos indicaram excesso de homozigotos e consanguinidade positiva dentro das fazendas. A composição dos rebanhos amostrados quase exclusivamente por fêmeas pode ser a justificativa para esses resultados, onde as proles são compostas principalmente por meio-irmãos. Os resultados acima citados foram confirmados pelos testes de AMOVA (ΦST= 0,199), que mostrou diferenças genéticas significativas entre fazendas, e pelas análises do programa Structure, que indicaram a presença de três grupos genéticos distintos, podendo esta ser uma evidência da presença de animais pertencentes ao “Novo Santa Inês”, entre os ovinos amostrados.
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