Introdução: Um dos objetivos da fisioterapia respiratória é facilitar a eliminação de secreções pulmonares.  Existe grande variedade de técnicas com essa finalidade, sendo atualmente as mais utilizadas o aumento do fluxo expiratório (AFE) e a vibração torácica. Há preocupação e dúvida se as manobras de fisioterapia respiratória causam dor em recém-nascidos (RN). A escala Neonatal Infant Pain Scale (NIPS) é bastante utilizada para avaliação da dor no RN. Objetivo: Investigar se a fisioterapia respiratória causa dor no RN comparando a técnica AFE e vibração torácica. Método: Estudo prospectivo, com recém-nascidos prematuros da UTI neonatal do Hospital das Clínicas da UNESP – Botucatu. Após a indicação de fisioterapia respiratória, foi aplicada a escala NIPS antes, durante e após a aplicação da técnica que foi sorteada: AFE ou vibração, constituindo os dois grupos de estudo. O cálculo amostral foi de 17 RN em cada grupo. Os dados coletados foram comparados entre os grupos pelo teste t de Student ou Mann-Whitney. Também foi coletado saturação periférica de oxigênio e frequência cardíaca pelo oxímetro de pulso, frequência respiratória pela contagem em um minuto. Resultados: A amostra foi composta por 39 recém-nascidos, sendo 19 no grupo AFE e 20 no grupo vibração. Os pacientes não apresentaram diferença estatisticamente significativa que indicasse dor antes, durante e após aplicação das técnicas, assim como também não houve alteração estatisticamente significativa nas outras variáveis observadas. Conclusão: A comparação das técnicas AFE e vibração torácica não demonstrou dor em recém-nascidos prematuros avaliados pela escala NIPS.