Introdução: O SISAN – Sistema de Segurança Alimentar e Nutricional representa a institucionalização de governança para atuar na Segurança Alimentar e Nutricional (SAN) de forma articulada e intersetorial no Brasil. Objetivo: Este estudo objetiva compreender os desafios enfrentados pela gestão pública nos níveis municipais para implementação do SISAN no Rio Grande do Norte em relação às práticas de governança. Métodos: O estudo consiste em uma pesquisa-ação, no qual foi realizado um recorte das ações do projeto SISAN Universidades no RN. Este é um projeto de extensão envolvendo três universidades federais (UFPB, UFRPE, UFRN) desenvolvido para fortalecer e/ou implantar os componentes municipais do SISAN, a saber: o COMSEA (Conselho Municipal de Segurança Alimentar e Nutricional) e a CAISAN (Câmara Intersetorial de Segurança Alimentar e Nutricional) nesses estados (PB, PE e RN). Foram coletados dados de questionários estruturados aplicados aos gestores (n=68), documentos do projeto que incluíam atas, relatórios, fichas de avaliação e demais materiais. Incluídas observações realizadas durante as assessorias da equipe de articuladores aos municípios (n=45), nos encontros territoriais (n=10), oficinas regionais (n=03) e reuniões com lideranças sociais (associações, sindicatos, ONGs, Grupos populares, Povos e Comunidades Tradicionais, entre outros), profissionais e demais gestores públicos, resultando em um total de 651 pessoas consultadas. Resultados: Foi observada alta rotatividade e falta de qualificação de técnicos e gestores, logo, a perda de referências e informações relevantes sobre o SISAN; o desconhecimento sobre os recursos para ações e mobilizações em prol da operacionalização dos planos e ausência da mobilização dos demais atores para adesão do SISAN. Conclusões: Conclui-se, que o baixo número de municípios aderidos ao SISAN, as dificuldades durante os processos de formação de COMSEAs e CAISANs e a necessidade do fortalecimento das instâncias já estabelecidas visam um compromisso firme do governo junto à sociedade civil organizada para dar prosseguimento as ações de SAN.