AGRADECIMENTOGrata a Deus, por estar aqui.Agradeço a meus pais, Maria Aparecida e Áureo, por terem proporcionado e incentivado meus estudos desde a infância. Por todo o cuidado, atenção, disponibilidade e carinho, sem os quais a realização deste trabalho não seria possível. À professora Ana Sílvia, professor Osvaldo e professor Caliri, componentes da banca examinadora da qualificação, meus sinceros agradecimentos pela leitura cuidadosa do trabalho e suas respectivas contribuições para a finalização deste texto.A meu orientador, professor Fernando Barroso, um agradecimento especial por todo o tempo e paciência dispensados ao iniciar uma farmacêutica na área computacional. Obrigada por todas as oportunidades concedidas, todos os ensinamentos, apoio e broncas, e principalmente por confiar em mim. Foi um longo caminho, que sem seu incentivo e parceria, não teria sido possível.Agradeço ao grupo de Química Teórica da Universidade de Lund na Suécia, em nome do professor Bo Jönsson, que sem dúvida alguma contribuiu para a concretização deste Mestrado.Agradeço às secretárias do programa Interunidades em Bioinformática, Patrícia e Cristiane, responsáveis por todo o suporte burocrático neste Mestrado.Um agradecimento especial também à professora Marilisa, pelo apoio e compreensão quanto ao cumprimento dos créditos e finalização deste trabalho.Aos amigos e colegas, que de uma forma ou de outra me ouviram, incentivaram ou apoiaram nesta caminhada. Foram muitos, mas especialmente Alejandro, Junier, João Paulo e Maristela. i RESUMO A estrutura e o comportamento de proteínas são de grande interesse a uma infinidade de áreas de conhecimento, com especial destaque para alimentação e saúde. As proteínas compõem uma fundamental classe de moléculas biológicas, com capacidade para interagir com diversas outras estruturas e formar complexos. Dois tópicos principais são abordados neste trabalho: (a) avaliação da formação de complexos entre três proteínas do soro do leite (lactoalbumina, !-lactoglobulina e lactoferrina) em diferentes condições experimentais de força iônica e pH da solução através de derivadas da energia livre e (b) avaliação de aspectos relacionados com a fundamentação teórica dos modelos moleculares com granularidade grossa e uso do dielétrico contínuo empregados para estudo do fenômeno da complexação molecular, através da análise, em larga escala, da correlação de cargas em proteínas disponíveis no banco de dados de proteínas. Os estudos teóricos de complexação foram realizados através do emprego de simulações Monte Carlo Metropolis, com o modelo do solvente contínuo, constante dielétrica homogênea e sal implicitamente descrito. Os estudos de complexação permitem compreender os mecanismos moleculares envolvidos, elucidando, inclusive, controvérsias experimentais e oferecendo orientação para aplicações. Já os resultados do estudo de correlação de cargas em estruturas experimentais de proteínas permitem justificar as aproximações do modelo. Palavras chave: Proteínas do soro do leite, Correlação de cargas em proteínas, Mo...
