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Las coníferas pueden tener daños importantes por enfermedades en vivero, entre las que destacan la pudrición de raíz y marchitez de plántulas. En Pinus spp. se les reconoce como un padecimiento en diversas regiones del mundo. Durante 2013 y 2014 se observaron tales síntomas, además de amarillamiento de plantas en estados iniciales de Pinus patula y P. pseudostrobus en un vivero forestal en el estado de Guerrero, México. Así, se propuso el presente estudio, cuyos objetivos consistieron en identificar a los hongos fitopatógenos asociados con ese problema, mediante la caracterización morfológica de las estructuras de reproducción asexual; análisis de secuencias ITS del ADNr y pruebas de patogenicidad; además de, determinar la incidencia y severidad de cada una de las especies de patógenos de interés. A partir de las plántulas con manifestaciones de daño de las dos especies de pino, se obtuvieron ejemplares aislados pertenecientes al género Fusarium. La caracterización morfológica, prueba de patogenicidad, y análisis de secuencias ITS de tales organismos evidenciaron que F. solani y F. oxysporum son las especies fúngicas responsables de ocasionar los síntomas de marchitez de plantas de Pinus. No se observó diferencia significativa entre la incidencia y la severidad de la enfermedad causada por dichos agentes.