El Área de Protección de Flora y Fauna “La Primavera” es la masa boscosa con mayor in­fluencia hídrico-ambiental de la zona metropolitana de Guadalajara. En la presente inves­tigación se evaluaron los daños por patógenos fúngicos de Pinus y Quercus, ya que ambos géneros presentan daños visibles. El 93 % de los árboles están dañados; las enfermedades más frecuentes en Pinus son tizón foliar (Lophodermium sp.) y royas de las acículas (Coles­porium sp.); la especie más afectada es P. oocarpa Shiede ex Schltdl; en Quercus los pade­cimientos más comunes son manchas foliares (Pestalotia sp.), cánceres y tumores en los fustes, siendo la especie más dañada Q. magnoliifolia Née. Al tratarse de un área protegida, se recomienda establecer un sistema de monitoreo fitopatológico permanente de las espe­cies ecológicamente importantes para conocer la dinámica de las enfermedades presentes y establecer acciones de manejo fitopatológico apropiadas, ello para contar con garantía con ecosistemas sanos en el área natural protegida.