Mikrofungi patogen dapat menyerang biji kopi robusta (Coffea canephora) pada pohon dan gudang penyimpanan. Mikrofungi dapat merusak dan menurunkan kualitas biji kopi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik mikrofungi patogen pada biji kopi robusta (Coffea canephora) yang berasal dari pohon dan gudang penyimpanan di Lamno dengan menggunakan metode Blotter test. Sampel biji kopi robusta (Coffea conephora) yang diambil pada pohon dan gudang penyimpanan. Biji kopi yang dimasukkan ke dalam cawan petri yang telah berisi kertas saring sebanyak 3 lembar dan telah dibasahi dengan aquadest steril. Cawan petri yang telah berisi biji kopi diinkubasi selama 7 hari dengan pengaturan 12 jam terang dan 12 jam gelap. Mikrofungi yang tumbuh kemudian dipisahkan dan dimurnikan dengan media PDA. Hasil karakterisasi diperoleh 15 isolat mikrofungi patogen pada sampel biji kopi yang berasal dari pohon terdiridari 2 genus yaitu Aspergillus sp. dan Cephalosporium sp. dan 1 spesies yaitu Aspergillus niger. Sedangkan pada sampel biji kopi yang berasal dari gudang terdapat 12 isolat mikrofungi patogen yang terdiri dari 2 genus yaitu Aspergillus sp. dan Cephalosporium sp. dan 2 spesies yaitu Aspergillus niger dan Aspergillus flavus.