No abstract

No abstract

Özet Bitkilerde hastalıkların zamanında ve doğru teşhis edilmesi için yapılan moleküler analizlerde yüksek kalitede nükleik asit elde etmek çok önemlidir. Bu çalışmada badem örneklerinden farklı zamanlarda ve ceviz örneklerinden de farklı ekstraksiyon yöntemleriyle elde edilen nükleik asitlerde, RNA miktarı, 260/280 ve 260/230 oranları ölçülerek bademlerde örnek almak için en uygun dönem ve cevizlerde de en uygun ekstraksiyon yöntemi belirlenmiştir. Badem RNA konsantrasyonu, 260/280 ve 260/230 oranları ilkbaharda sırasıyla 286.6 ng/µl, 1.72, ve 1.55, sonbaharda ise, 122.32 ng/µl, 0.832 ve 0.97 olarak ölçülmüş ve moleküler çalışmalarda ilkbaharda örnek alınması daha uygun bulunmuştur. Ceviz izolatlarından, modifiye edilmiş Dellaporta yöntemi ile elde edilen nükleik asitlerde RNA konsantrasyonu, 260/280 ve 260/230 oranı sırasıyla 1016.17 ng/µl, 1.329 ve 1.365, ticari ekstraksiyon kiti ile elde edilen nükleik asitlerde ise 7.678 ng/µl, 1.017 ve 0.456 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak yüksek kalitede ve miktarda RNA elde etmek için bademlerde en uygun dönemin ilkbahar ve cevizlerde ise en uygun yöntemin ise modifiye edilmiş Dellaporta yöntemi olduğu belirlenmiştir.

Recently, production of almond has tended to increase in the Mediterranean countries as well as in Turkey. As in all plants, almond also suffer from viral diseases leading to qualitative and quantitative losses. Distribution of Prune dwarf virus (PDV), Prunus necrotic ring spot virus (PNRSV), Plum pox virus (PPV), Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), Apple mosaic virus (ApMV) and Cherry leaf roll virus (CLRV) diseases on almond trees in the Eastern Mediterranean Region were investigated and its molecular and biological characterization were performed with this study. During the surveys conducted between 2012-2016, 605 almond leaf samples were collected and tested by double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) from 5 provinces of the Eastern Mediterranean Region. 169 almond samples (27.93%) of 605 were found to be infected by at least one virus. Of these, 26 of 129 samples (20.16%) in Adana, 90 of 299 samples (30.10%) in Mersin, 11 of 71 samples (15.49%) in Kahramanmaraş, 34 of 89 samples (38.20%) in Hatay and 8 of 17 samples (47.06%) in Osmaniye were found to be infected at least one virus. While PNRSV, PDV, ACLSV and mixed infection were detected at rate 64%, 18%, 11% and 7% respectively, ApMV, PPV, and CLRV were not found in tested samples. Genomic regions containing the coat protein (CP) gene was reproduced by RT-PCR, resulting in bands of 616 bp for PNRSV, 862 bp for PDV and 358 bp for ACLSV. As they are similar in nucleotide level with 97-99% of the world PNRSV isolates registered to NCBI, 87-96% with PDV isolates, and 81-96% with ACLSV isolates of almond, it is considered that these pathogens spread due to the trade of plant materials. Ülkemizin Doğu Karadeniz kıyı bölgesi ile çok yüksek yaylaları dışındaki her bölgesinde badem yetiştirilmektedir.