Lamun merupakan salah-satu ekosistem yang sangat tinggi produktivitas organiknya, lamun juga memiliki manfaat secara ekonomi dan ekologis.  Fungsi lamun tidak banyak dipahami, banyak padang lamun yang rusak oleh berbagai aktivitas manusia terutama penangkapan ikan, pengerukan, penambangan pasir dan sebagainya. Hasil penelitian yang telah dilakukan oleh peneliti sebelumnya dirasa masih kurang untuk dijadikan sebagai rujukan untuk menggambarkan potensi sumberdaya lamun di Kabupaten Pulau Morotai. Olehnya itu perlu  kiranya dilakukan penelitian ini sebagai tambahan informasi dan data potensi bagi pengelolaan sumberdaya alam pesisir dan laut terutama ekosistem  lamun secara berkelanjutan terutama dari aspek ekologinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui komposisi dan keanekaragaman jenis lamun. Penelitian ini dilaksanakan di perairan desa Mandiri Kabupaten Pulau Morotai dimulai pada bulan Januari-Februari 2021 menggunakan metode transek kuadrat. Analisis data indeks ekologi meliputi; komposisi jenis dan indeks keanekareagaman (Shannon-Winner). Hasil penelitian menunjukkan bahwa komposisi jenis lamun paling tinggi persentasenya yaitu Cymodocea rotundata ditemukan disemua stasiun yaitu stasiun I sebesar (94%), stasiun II (84 %) dan stasiun III (72%). Indeks keanekaragaman jenis (H') lamun yang ditemukan pada stasiun I yaitu (0,22), stasiun II (0,58), dan stasiun III yaitu (0,59) menunjukan bahwa nilai indeks keanekaragaman lamun di lokasi penelitian termasuk kategori rendah.