Muitas crianças têm a alimentação escolar como principal refeição durante o dia, porém muitas escolas brasileiras não possuem um programa de higienização que visa estabelecer o procedimento operacional pela qual as instituições evitarão as contaminações diretas e cruzadas e bem como preservarão a saúde dos alunos. Portanto, este trabalho teve como objetivo a avaliação microbiológica da água e das condições higiênico-sanitárias de bebedouros, torneiras e manipuladores de alimentos em escola municipal. As amostras foram coletadas em três repetições e analisadas em triplicata. Os resultados foram avaliados com o auxílio do software SPSS 21.0®. Realizou-se a pesquisa de coliformes totais e termotolerantes na água e micro-organismos mesófilos nas superfícies. A água das caixas d’água apresentou resultados satisfatórios e está de acordo com a legislação. A qualidade higiênico-sanitária das superfícies e dos manipuladores foram insatisfatórias. Esse cenário pode ser melhorado por meio de treinamentos contínuos e maior sensibilização e engajamento de toda a equipe escolar.   Palavras-chaves: Água. Microbiologia. Higiene. Alimentos. Escola.