O ensino-aprendizado de ecologia apresenta desafios particulares. Somando-se a isso, a escassez de trabalhos que debatam essa questão contribui para uma defasagem no ensino dessa ciência. Portanto, pretendemos discutir nesse artigo alguns dos desafios do ensino de ecologia e estratégias que podem favorecer o ensino de conteúdos ecológicos na Educação Básica. Entre os desafios, discutimos aqueles proporcionados pela própria definição de ecologia, pelo conteúdo que deve ser ensinado, pela onipresença de erros conceituais e pela maneira de se ensinar a teoria ecológica. Já entre as estratégias que podem ser utilizadas no ensino de ecologia, propomos quatro: o ensino de cima para baixo, o uso de estudos de caso, o apelo à biofilia e a utilização de materiais de divulgação científica.