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O objetivo do estudo foi analisar a tendência temporal e fatores associados à participação nas aulas de educação física de estudantes de Pernambuco. Estudo de tendência temporal composto por três levantamentos de abrangência estadual. Foram entrevistados 4.207 estudantes em 2006, 6.264 em 2011 e 6.002 em 2016, por meio do questionário “Global School-based Student Health Survey” (GSHS). O desfecho foi a participação nas aulas de Educação Física e as exposições foram as informações sociodemográficas. A análise bivariada foi realizada mediante  teste Qui-quadrado e as análises multivariadas por regressão logística binária. Observou-se um aumento na prevalência de participação nas aulas de Educação Física (2006: 35%, 2011: 74% e 2016: 81,2%) destacando o aumento significativo no sexo masculino Δ% (2006-2016) = 123,5%. Ser do sexo masculino, estudar no período integral e ser filho de mães que estudaram, independente do tempo de estudo foi associado a maior participação nas aulas de educação física, assim como residir nas regiões do Agreste, Sertão e Sertão do São Francisco. Apesar do aumento na participação nas aulas de Educação Física em Pernambuco, a garantia deste componente curricular deve ser fortalecida, levando em consideração os grupos de risco para que aumente a participação nas aulas desses grupos.