Este estudo observou a efetividade do método imunocitoquímico no diagnóstico das lesões papilares de mama a partir de amostras por punção aspirativa por agulha fina (PAAF), para validar o método que, aplicado à prática clínica, evitaria a exérese desnecessária dos pequenos papilomas intraductais da mama. Métodos: Foram analisados prontuários e exames de PAAF durante o período de 2003 a 2012 e posteriormente realizado exame imunocitoquímico com marcador de célula mioepitelial p63 e índice proliferativo Ki67, analisando-se especificidade e sensibilidade dos marcadores no diagnóstico de lesões papilares da mama. Resultados: A imunocitoquímica dos materiais das lesões papilares mamárias com os imunomarcadores Ki67 e p63 apresentou sensibilidade de 78,6% e especificidade de 73,33% na identificação das lesões benignas. Conclusões: O uso combinado desses marcadores em PAAF de lesão papilar mamária auxilia na orientação terapêutica da doença, mas novos estudos incluindo um maior número de casos devem ser realizados para melhor avaliar esse método.