Mendalami regulasi yang tepat untuk menstimulasi sistem kerja yang tepat di masa pandemi COVID-19. Penelitian ini menguji pengaruh pengaturan kerja fleksibel (X1) terhadap kinerja karyawan (Y1) dan analisis lebih dalam pada kebijakan kerja yang tepat melalui perilaku kerja inovatif (Z1) dalam menjaga kinerja karyawan di Kementerian Agama Kota Yogyakarta di tengah pandemi COVID-19. Sampel pada penelitian ini menggunakan metode nonprobability sampling dengan metode purposive sampling, dengan kriteria pegawai yang bekerja minimal selama 1 tahun. Terdapat 120 responden yang menjadi sampel dalam penelitian ini. Penelitian ini menggunakan pendekatan deskriptif serta menggunakan data kuantitatif, menggunakan model Structural Equation Model (SEM) dan menggunakan alat bantu olah data Partial Least Square (PLS). Hasil dari penelitian ini menunjukkan pengaturan kerja fleksibel berpengaruh dan tidak signifikan terhadap kinerja karyawan, pengaturan kerja fleksibel berpengaruh positif dan signifikan terhadap perilaku kerja inovatif, perilaku kerja inovatif berpengaruh positif dan signifikan terhadap kinerja karyawan, dan perilaku kerja inovatif memediasi secara penuh pengaruh antara pengaturan kerja fleksibel terhadap kinerja karyawan.